Jan Rot werd geboren op 27 augustus 1892 in Zaandam, een stad in de provincie Noord-Holland. Zijn vader, Jan Rot, was actief in de Anti-Revolutionaire Partij en werkte als hoofdmachinist. Zijn moeder, Hendrika van der Meulen, was serveerster. Jan Rot kreeg van huis uit socialistische ideeën mee en werd in 1915 lid van de SDAP.
In 1913 werkte Jan Rot als schildergezel (schilder in opleiding). Dankzij een renteloze lening van de broeders Verkade kon hij echter een opleiding volgen aan de Amsterdamse Kunstnijverheidsschool. Enkele jaren later, in 1916, stroomde hij door naar de Rijksacademie voor Beeldende Kunsten. Hij kreeg diverse opdrachten, maar deze waren onvoldoende om van te leven als vrij kunstenaar.
Eind 1925 ging Jan Rot werken voor De Notenkraker. Zijn scherpe, humoristische en vaak politiek geladen tekeningen maakten hem snel populair. Rot's werk voor De Notenkraker kenmerkte zich door een combinatie van sociaal engagement en artistieke finesse, waarmee hij actuele maatschappelijke problemen aan de kaak stelde. Naast zijn werk voor De Notenkraker was hij actief in de SDAP en later in de PvdA, waarvoor hij ook propaganda en affiches maakte.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog bleef Jan Rot actief als tekenaar, ondanks de gevaarlijke en onderdrukkende omstandigheden. Hij gebruikte zijn kunst om subtiel verzet te bieden tegen de Duitse bezetters, door middel van cryptische boodschappen en symboliek in zijn werk. Daarnaast hielp hij het verzet door het maken van valse papieren en het verspreiden van illegale pamfletten. Zijn tekeningen uit deze periode getuigen van zijn moed en vastberadenheid om vrijheid en gerechtigheid te bevorderen, ondanks het risico voor zijn eigen leven.
Na de oorlog hervatte Rot zijn werk met vernieuwde energie en inspiratie, waarbij hij zich toelegde op het documenteren van de wederopbouw van Nederland. Hij was afdelingsvoorzitter van 1956-1960 voor de Pvda. Uiteindelijk bracht hij zijn laatste jaren bracht hij door in Amsterdam waar hij op 18 februari 1982 aan een natuurlijke dood stierf.
